Фамилия Шпирун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище, образованное от глагола или существительного с корнем, близким к «шпынять» — то есть колоть, язвить, насмехаться. В русских говорах «шпирун» или «шпырун» могло означать колкого, насмешливого человека, острослова, который не лезет за словом в карман. Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «шпир» — шип, колючка, что даёт ту же характеристику: колючий, задиристый.

Модель образования проста: суффикс -ун в русских фамилиях типичен для прозвищ, обозначающих деятеля или носителя яркого признака (например, Бегун, Крикун, Ворчун). Шпирун — тот, кто шпирит, то есть колет словами или ведёт себя едко. Фамилия на -ов (Шпирунов) была бы более ожидаема, но форма Шпирун — это застывшее прозвище в именительном падеже, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии нередко обходились без патронимического суффикса.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в единичных записях на территории бывшей Черниговской губернии, а также в Беларуси. Социальный контекст: носитель прозвища мог быть незнатного происхождения — крестьянин или ремесленник, чей характер или острая речь запомнились окружающим.

В написании возможна путаница с похожей фамилией Шпирунов, но Шпирун — более архаичная, прямая форма, без вторичного суффикса. Это редкий случай, когда прозвище не «одомашнили» в -ов, а сохранили в исходном виде, что делает фамилию ценной для историка языка.