Фамилия Шпиталъник — редкий случай, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. Твёрдый знак в конце корня — не орфографическая причуда, а след старой нормы: до реформы 1918 года его писали после согласных на конце слов (шпиталь, а не шпитальъ). Фактически мы видим фамилию, которая застыла в дореформенном облике, и это сразу отличает её от более поздних вариантов вроде Шпитальник или Шпитальный.

Основа — южнорусское, украинское или белорусское слово «шпиталь» (госпиталь, больница). В польском szpital, в украинском шпиталь — заимствование через немецкое Spital из латинского hospitāle. Носитель фамилии мог быть либо больничным служителем (санитаром, смотрителем), либо содержателем частного приюта для больных. В дворянской среде такие фамилии не встречались — это однозначно мещанская или казацкая среда, где прозвище по месту работы или службы давали без затей.

Суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий: шпитальник — тот, кто при шпитале. Аналогичные модели — больничник, богадельник. В украинских говорах слово «шпитальник» могло означать и самого больного, лежащего в госпитале, но для фамилии более вероятно активное значение — работник.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу Российской империи: Волынь, Подолье, Гродненская губерния, а также к казачьим областям (Кубань, Дон), куда переселенцы принесли говор. В центральной России она почти не встречалась — там говорили «госпиталь» или «лазарет».

Сравнение с однокоренными: Шпитальный — чаще польская или белорусская фамилия (прилагательное, означающее «относящийся к шпиталю»), Шпиталь — сокращённая форма без суффикса, а Шпитальник — как раз та, что прямо называет профессию. Вариант с твёрдым знаком — орфографический артефакт, который сохранили, возможно, при записи в метрических книгах или при переписи, когда писарь механически поставил «ъ» по старой привычке.