Фамилия Шпыта — редкий случай, когда прозвище закрепилось в чистом виде, без суффикса. Это не Шпытов и не Шпытин, а именно Шпыта. Такая модель (так называемые «усечённые» или «украинские» фамилии) характерна для западнорусских земель, особенно для Правобережной Украины и Беларуси, где фамилии на -а без дополнительных окончаний встречаются чаще, чем в Великороссии.

Основа фамилии — слово «шпыта» или «шпыт». В старых русских говорах и в украинском языке «шпыта» — это насмешник, острослов, человек, который любит отпускать колкие шутки. В польском языке, который сильно повлиял на западнорусскую лексику, есть слово «szpyt» — с тем же значением. Соответственно, предок носителя фамилии, скорее всего, получил прозвище за острый язык: либо он был балагуром и задирой, либо, наоборот, язвительным критиком, которого побаивались.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В украинских диалектах «шпитати» (от того же корня) означает «лечить». «Шпыта» могло быть сокращением от «шпиталь» (больница, госпиталь). В таком случае прозвище давали лекарю, фельдшеру или человеку, который работал при госпитале. Эта версия менее популярна, но лингвистически возможна: звуковой переход «шпиталь» → «шпыта» — типичное стяжение в народной речи.

Поскольку фамилия не получила суффикса -ов/-ев, она не прошла стандартную процедуру обрусения, которая была обязательна для крестьян центральной России после отмены крепостного права. Это косвенно указывает на то, что род Шпыты происходит из мест, где фамилии фиксировались поздно и в той форме, в какой их носили в быту. В современных справочниках фамилия встречается эпизодически, преимущественно в Черниговской, Киевской и Гомельской областях.