Фамилия Шубинских держится на редком суффиксе -ских, который в русской ономастике встречается нечасто. Обычно такие фамилии указывают на происхождение от географического названия — села, деревни или урочища Шубино. Человек, получивший фамилию Шубинских, скорее всего, был выходцем из местности с таким именем, а суффикс -ских в родительном падеже множественного числа буквально означал «из семьи Шубиных» или «из тех, кто живет в Шубине». Такая модель типична для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских земель, где фамилии на -их/-ых и -ских были распространены в крестьянской среде.

Основа фамилии — Шуба. В древнерусском языке «шуба» обозначала не только верхнюю меховую одежду, но и служила прозвищем. Шубой могли назвать человека, который носил богатую шубу, торговал мехами, шил одежду или просто имел густую, мохнатую внешность. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие прозвищные основы разбираются как типичные для ремесленных и бытовых прозваний. От прозвища Шуба сначала образовалась фамилия Шубин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей? — Шубин»), а затем, при переселении или смене сословной группы, к ней добавился суффикс -ских — так появились Шубинские.

Версия, что фамилия может быть связана с польским или украинским влиянием, маловероятна. Фамилии на -ских в польской традиции обычно пишутся как -ski, а русская форма -ских — это уже адаптация под местные говоры. Если бы корень был польским, мы бы увидели Шубински или Шубски. Поэтому основная гипотеза — русское происхождение от прозвища Шуба через промежуточную фамилию Шубин.

Географически фамилия Шубинских встречается в основном в центральной России и Поволжье, особенно в Кировской, Нижегородской и Костромской областях. Там много деревень с названием Шубино, и фамилия могла закрепиться за целыми семьями, переселившимися в города. В дореволюционных метрических книгах такие фамилии часто фиксировались у крестьян и мещан, реже — у духовенства.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Шубин — самая массовая, Шубников — указывает на ремесленника-скорняка, а Шубинских — самая редкая и территориально привязанная. Носитель фамилии Шубинских, скорее всего, происходит из семьи, которая когда-то выделилась из большого рода Шубиных и получила фамилию по месту жительства, а не по профессии.