Фамилия Шукшенцев — один из тех случаев, когда географическое название легло в основу фамилии напрямую, без промежуточного прозвища. В центре здесь гидроним Шукша — река в Алтайском крае и Республике Алтай, правый приток Катуни. На её берегах стоит село Шукша, а самих жителей в русских говорах издавна называли шукшенцами — по модели «житель такой-то местности». Суффикс -ец в этом случае указывает на принадлежность к месту: ср. «томич» (от Томь) и «томец» (житель берегов Томи), «иртышец» (житель Иртыша). Фамилия Шукшенцев, таким образом, образована от названия жителя — «шукшенец» плюс патронимический суффикс -ев, то есть буквально «сын шукшенца», потомок человека с берегов Шукши.

Модель образования редкая: обычно фамилии от названий рек и сёл оформляются суффиксом -ский (Шукшинский) или просто -ин (Шукшин). Вариант с -енцев встречается реже, но он строго логичен: в русской ономастике суффикс -ец даёт основу для притяжательного прилагательного (шукшенец → Шукшенцев). Интересно, что знаменитая фамилия Шукшин (от того же корня) образована иначе — через суффикс -ин, что типично для прозвищ от названий местных жителей без промежуточного «-ец». То есть Шукшенцев и Шукшин — не варианты одной фамилии, а разные словообразовательные модели: первая подчёркивает происхождение «оттуда», вторая — принадлежность конкретному лицу (шукша как прозвище человека с реки Шукши).

Вероятнее всего, предок носителя фамилии жил в одном из сёл по реке Шукше (например, в современном Шукше или в старом поселении при впадении Шукши в Катунь). Район этот — историческая территория алтайских старообрядцев и переселенцев XVIII–XIX веков, так что фамилия могла закрепиться в среде крестьян-старожилов Алтая. Других корней у основы нет: тюркские параллели (шукша — «осётр» в некоторых тюркских языках) возможны, но маловероятны для русской фамилии, так как слово «шукша» в русских говорах не зафиксировано как прозвище или профессия.

В документах фамилия встречается с XIX века, преимущественно в Томской губернии и на Алтае. Сословно — почти исключительно крестьяне, государственные или экономические. Перенос ударения на второй слог (Шу́кшенцев) — ошибка: исторически правильно Шукше́нцев, от «шукше́нец».