Фамилия Шулигина — женская форма фамилии Шулигин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шулига. В русских говорах слово «шулига» имело несколько значений, и какое из них легло в основу фамилии, сказать однозначно трудно, но можно выделить главную версию.

Самый вероятный источник — диалектное «шулига» в значении «левша». В северных и сибирских говорах так называли человека, который всё делает левой рукой. Прозвище Левша было распространено на Руси, и его производные встречаются во многих фамилиях (Левшин, Шуйгин, Шулигин). Вторая группа значений связана с хитростью и плутовством: в некоторых областях «шулигой» называли пройдоху, мошенника или вора. Третье, более редкое значение — «плетень» или «плетёная корзина», что могло указывать на ремесло предка-корзинщика.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Шулигин). Это типичная патронимическая фамилия, образованная от прозвища отца. Поскольку фамилия заканчивается на -ин, а не на -ов/-ев, можно предположить, что её носители происходят из регионов, где был распространён этот формант, — север и центр России.

Если отталкиваться от самого частотного значения, предок носителя фамилии Шулигин был левшой. В крестьянской среде леворукость не считалась пороком, но была заметной особенностью, за которую и могли закрепить прозвище. Впрочем, не стоит сбрасывать со счетов и вариант с плутовским характером — в русской ономастике прозвища по чертам характера встречаются не реже, чем по физическим признакам.

Фамилия не относится к числу аристократических, её носители — в основном крестьяне и посадские люди. Встречается она по всей России, но чаще в Поволжье и на Урале. Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: ШулИгина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.