Фамилия Шуньева — женская форма фамилии Шуньев, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ев указывает на притяжательное значение: такую фамилию давали по отцу, в основе которого лежало имя или прозвище Шунь. В русской ономастике суффикс -ев (как и -ов) типичен для центральных и северных регионов, но фамилия Шуньев встречается нечасто, что делает её локальной или редкой.

Корень шунь- неочевиден и вызывает споры. Наиболее правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «шуня» — так в некоторых говорах (особенно вятских и пермских) называли человека с насмешливым или лукавым характером, иногда — просто «пройдоху» или «хитреца». В словаре Владимира Даля «шуня» отмечено как «шутник, балагур», что прямо указывает на прозвищное происхождение. Менее вероятна связь с тюркскими заимствованиями (например, «шун» — «слава» в некоторых языках), так как суффикс -ев и географическое распространение фамилии тяготеют к русскому Северу и Поволжью, где тюркское влияние слабее.

Другой вариант — происхождение от канонического имени Шунь, которое могло быть сокращением от Александр или Семён в народной речи. Однако документальных подтверждений этому нет, и ономасты чаще склоняются к прозвищной версии. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, произошли из одной или нескольких соседних деревень — возможно, в Костромской или Вятской губерниях, где диалектное слово «шуня» было в ходу.

В социальном плане Шуньевы, как и большинство крестьянских фамилий с -ев, не принадлежали к дворянству. Фамилия закрепилась в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам предков. Таким образом, первый Шунь — человек с весёлым или хитроватым нравом — дал начало роду, который столетия спустя носит его прозвище как фамилию.