Фамилия Шунькова образована от мужского варианта Шуньков, а тот — от прозвища или имени Шунько. Основа здесь — «шунь-», и это один из тех случаев, когда корень не лежит на поверхности и даёт простор для версий.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает «шунь-» с диалектным словом «шунь» или «шунька». В южнорусских и украинских говорах так называли ленивого, вялого человека, увальня. Слово могло звучать и как «шунько» — с уменьшительным суффиксом -к-, который в украинской и белорусской традиции часто становился основой для фамилий. Тогда Шунько — это прозвище неторопливого, медлительного человека, а его потомки стали Шуньковыми. Суффикс -ов в фамилии типичен для русской модели: «чей?» — Шуньков, то есть сын или потомок Шунька.

Есть и другая, менее очевидная версия: «шунь» могло быть производным от глагола «шунять» — то есть журить, бранить, унимать. В этом случае прозвище Шунько мог получить человек строгий, ворчливый или тот, кто постоянно кого-то усмирял. Однако эта версия слабее, потому что глагол «шунять» встречается реже, чем диалектное имя существительное, и его связь с краткой формой «шунь» не так прямолинейна.

Географически фамилия Шуньков (и Шунькова) чаще всего встречается в регионах, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на юге России. Это подтверждает украинский или южнорусский след в основе: суффикс -к- в прозвище типичен именно для малороссийской традиции именования. В северных и центральных областях России фамилия редка.

В написании фамилии нет ничего необычного: она подчиняется стандартному правилу — женская форма оканчивается на -а, мужская на нулевой суффикс. Но если копнуть глубже, можно заметить, что в старых документах XIX века встречаются варианты «Шуньковъ» и даже «Шунковъ» — с одной «ь», что могло быть следствием неграмотности писцов или местного произношения, где мягкий знак не читался.

Таким образом, Шунькова — это фамилия, которая, скорее всего, пошла от прозвища медлительного или ленивого человека, жившего на юге России или Украины. Никакой аристократической или служилой подоплёки здесь нет, зато есть живая связь с народной речью и бытовой характеристикой.