Фамилия Шенькова — женская форма фамилии Шеньков. В основе её лежит либо имя, либо прозвище, и здесь есть два основных пути, по которым могла пойти словообразовательная машина русского ономастикона. Первый и самый простой: Шенька — это уменьшительная форма от канонического имени Семён (в просторечии — Сенька). Чередование С/Ш в русских говорах дело обычное: «Сенька» вполне могло звучать как «Шенька» в диалектах, где шепелявили или где на это влиял акающий говор. Второй вариант — основа от прозвища Шень, которое могло быть связано с диалектным словом «шень» — так в некоторых областях называли тень, а в переносном смысле — худого, высокого человека. Есть и более редкая версия: Шенька могло быть производным от глагола «шенить» (мешкать, медлить), но она менее убедительна, поскольку глагол малоупотребителен.

Суффикс -ов в мужской форме (Шеньков) указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца: «чей?» — Шеньков, то есть сын Шеньки. Фамилия эта довольно редкая, её географическое распространение сконцентрировано в центральных и южнорусских областях — в Воронежской, Курской, Тамбовской губерниях, где были сильны традиции образования фамилий через уменьшительные имена. Встречается также вариант Шиньков, где корень мог смешаться с «шинь» (шина, обод), но это уже другая ветвь.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин (вроде Шенькин), которые тоже возможны от той же основы, форма Шеньков говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был крепостным, а принадлежал к служилым или вольным людям — именно у них прижилась модель на -ов. В крестьянской среде фамилии часто оформлялись через -их/-ых (Шеньких), но их осталось гораздо меньше. Таким образом, Шенькова — это фамилия, которая ведет к конкретному человеку, носившему ласковое или прозвищное имя Шенька, жившему, вероятно, в XVI–XVII веках где-то на юге России.