Фамилия Шуняков — одна из тех, где разбор упирается в редкое и неочевидное прозвище. В ней нет привычного крестильного имени вроде Ивана или Петра, но есть суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Шуняк — сын Шуняка. Значит, ключ к происхождению — слово «шуняк» или близкое к нему.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «шунять» — журить, выговаривать, делать выговор. В северных и центральных говорах «шуня» или «шуняй» — человек, который постоянно ворчит, бранится или, наоборот, тот, кого часто журят. Прозвище Шуняк мог получить сварливый сосед, строгий отец или нерадивый работник, на которого вечно сыпались упрёки. Корень здесь тот же, что в словах «шуметь», «шум», но с оттенком назидательного, а не просто громкого шума.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с «шунька»: так в некоторых местах называли маленькую, невзрачную вещь или, в переносном смысле, невысокого, щуплого человека. В этом случае прозвище носило бы описательный характер по внешности.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает диалектную природу основы. Её нет в списках древних дворянских родов, и это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII века, когда прозвища начали массово закрепляться за потомками. Однокоренные «Шуняев», «Шунин» встречаются чаще, но Шуняков сохранил более архаичную форму с суффиксом -ак, характерным для прозвищ (ср. Гуляк, Ширяк).