Фамилия Шушнина — женская форма от Шушнин, и в ней сразу заметна необычная основа. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — шушнин, то есть сын или потомок Шушни. А вот что такое «Шушня» — вопрос поинтереснее.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Шушня. В русских говорах, особенно северных и уральских, «шушать» означало «шептать», «нашёптывать», а также «шуршать», «издавать тихий шорох». Прозвище Шушня могли дать тихому, неразговорчивому человеку, который говорит едва слышно, или же тому, кто любит пошептаться, посплетничать. Есть и другая версия: в диалектах «шушня» — это мелочь, хлам, сор. В таком случае прозвище могло быть ироничным — так могли назвать невысокого, щуплого человека или того, кто возится с мелкими, несерьёзными делами.

Менее вероятна связь с тюркскими корнями, например с татарским «шуш» — «тихий», «спокойный». Но для фамилии, распространённой в исконно русских регионах, славянская основа с суффиксом -н- (Шуш-н-я) выглядит естественнее.

Фамилия Шушнина встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, но редка. Её необычное звучание и прозрачная для диалектолога основа делают её хорошим примером фамилии, образованной от живого народного прозвища, а не от церковного имени или профессии.