Фамилия Шушняев образована от прозвища или нецерковного имени Шушняй. В её основе лежит диалектное слово, бытовавшее в северных и центральных русских говорах: «шушня» или «шушняк» — так называли мелкий хворост, сухие ветки, валежник, а также негодное, трухлявое дерево. Человек, получивший прозвище Шушняй, мог быть сборщиком хвороста, жить в лесистой местности или, что вероятнее, иметь худощавое телосложение — «сухой», как ветка. В переносном смысле слово иногда применяли к нерасторопному, вялому человеку, но такая трактовка менее распространена.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Шушняев буквально означало «сын Шушняя» или «из семьи Шушняевых». Модель типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале — в архивных записях XVIII–XIX веков Шушняевы фиксируются среди государственных крестьян Казанской, Вятской и Пермской губерний. Это согласуется с диалектной зоной бытования слова «шушня».

Редкость фамилии объясняется тем, что основа не попала в число самых частых прозвищных моделей. Родственные фамилии — Шушняков, Шушнин — встречаются чаще, но все они восходят к тому же корню. В написании Шушняев ударение падает на последний слог, что характерно для фамилий с суффиксом -ев от основ на мягкий согласный.

В дореволюционных источниках фамилия не принадлежала к дворянским родам и не упоминается в родословных книгах. Её носители — преимущественно крестьяне и мещане. В советское время фамилия сохранилась, но не получила широкого распространения за пределами традиционных регионов.