Фамилия Шушнин — одна из тех русских фамилий, чья основа лежит в прозвище, а не в крестильном имени. В её центре — слово «шушня» или «шушун». В северных и сибирских говорах так называли короткую верхнюю одежду, что-то вроде кофты или душегреи на меху. Соответственно, Шушней могли прозвать человека, который шил такую одежду, торговал ею или просто носил её, выделяясь из толпы. Прозвище закрепилось за главой семьи, а его потомки стали Шушниными.

Модель образования проста и типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность. Шушнин — «сын Шушни». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, -ин характерен для регионов, где активно бытовали прозвища с окончанием на -а. Поэтому географически фамилия Шушнин тяготеет к Вологодчине, Архангельской области, Пермскому краю и Вятке.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «шушней» называли человека нерасторопного, мешковатого или того, кто постоянно шушукается, шепчется. Глагол «шушукать» (шептать) и «шушня» (сплетни, пересуды) — слова одного корня. В этом случае прозвище носило бытовой, иногда ироничный оттенок: так могли прозвать молчуна или, наоборот, любителя пошептаться в углу. Но версия с одеждой всё же правдоподобнее — прозвища по роду занятий давали чаще и они лучше закреплялись.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к слову «шушпанчик» или «шушпан» — это поздние и книжные заимствования. Шушнин — исконно русская, народная фамилия, возникшая в крестьянской или ремесленной среде. В дворянских родословных книгах она не встречается, что подтверждает её простое происхождение.