Фамилия Шустенков образована от прозвища или нецерковного имени Шустенок. Основа здесь — прилагательное «шустрый», то есть быстрый, проворный, расторопный. Суффикс -енок (в современной форме -ёнок) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и указывает на два возможных пути происхождения.

Первая версия: суффикс -енок в восточнославянских говорах (особенно в белорусских и украинских) часто означал «сын» или «молодой человек». То есть Шустенок — это буквально «сын Шустрого» или «маленький шустрый». В таком случае фамилия Шустенков — это уже русифицированная форма: к основе Шустенок добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Получилось «чей?» — Шустенков, то есть «из рода Шустенка».

Вторая версия: прозвище Шустенок могло закрепиться за самим человеком — бойким, юрким, подвижным. Такие прозвища давали не только детям, но и взрослым за характер или манеру поведения. В этом случае фамилия образована напрямую от этого прозвища по той же модели: Шустенок + ов.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям. Формы на -енок (-ёнок) там были особенно распространены. В центральной России чаще говорили Шустриков или Шустров, а Шустенков — более редкий вариант, сохранивший уменьшительный оттенок.

В документах фамилия встречается с XIX века. В списках купцов и мещан западных губерний Российской империи можно найти Шустенковых, но массовой или знатной эта фамилия не была. Она осталась в крестьянской и мещанской среде, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с родом занятий. Никакой связи с ремеслом или местностью здесь нет — только человеческая черта: шустрость, сноровка, живость.