Фамилия Шустева — женская форма мужской фамилии Шустев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шуст, которое в русских говорах имело несколько значений. Самое прямое и вероятное — «шустрый», то есть быстрый, проворный, расторопный человек. В словаре Владимира Даля «шуст» — это и «проворный малый», и «черт», «бес» (в бранном смысле, но иногда и в шутливом). Вторая версия отсылает к диалектному слову «шуст» — «хвост» (например, у зверя или птицы). Такое прозвище могли дать человеку с длинными волосами, одетому в одежду с длинным подолом, или же просто в насмешку. Третья, менее распространённая гипотеза, связывает основу с глаголом «шустать» — чистить, обдирать, скрести. В этом случае Шустом могли назвать человека, занятого чисткой чего-либо — например, рыбы, зерна или кож.

Модель образования фамилии типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ев присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. Шуст — Шустев. Со временем фамилия могла писаться и через «ё» (Шустёв), но в современном написании закрепился вариант с «е». Примечательно, что фамилия Шустев (и Шустева) встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это согласуется с историей заселения этих земель — туда переселялись крестьяне из северных и центральных губерний, принося свои прозвища и фамилии.

Однокоренные фамилии — Шустиков, Шустов, Шустров — различаются суффиксами, что указывает на разные эпохи и способы образования. Шустов, например, могла возникнуть от той же основы, но с суффиксом -ов (твёрдый вариант), что встречается реже. А Шустева — более редкая форма, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители такой фамилии, скорее всего, принадлежат к одной ветви или небольшой группе родственных семей. Сословная принадлежность предков Шустевых, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.