Фамилия Симагутины — редкий случай, когда географический и языковой анализ почти наверняка указывает на нерусское происхождение, несмотря на типично русский суффикс -ин. Основа фамилии «Симагут» не имеет очевидной славянской этимологии. Наиболее правдоподобная версия — японские корни.

В японском языке существует фамилия Симагути (Shimaguchi), образованная от слов «сима» (остров) и «гути» (устье, вход). Дословно — «устье острова». Вероятно, предок носителей этой фамилии был выходцем из Японии, чья фамилия при адаптации в русской среде получила типичное окончание -ы, указывающее на множественное число (семья Симагути → Симагутины), а затем и патронимический суффикс -ин, закрепивший фамилию в форме притяжательного прилагательного.

Русский суффикс -ин в данном случае не указывает на принадлежность отцу (как в фамилиях Пушкин или Ильин), а выполняет чисто грамматическую функцию — оформляет иноязычную основу по привычной модели. Это отличает Симагутиных от подавляющего большинства русских фамилий, где суффикс привязан к славянскому имени или прозвищу.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Дальний Восток России, что подтверждает версию о японском следе. Возможно, первый носитель появился в России в конце XIX — начале XX века, в период активных контактов между странами, или же это потомки японских военнопленных, оставшихся в СССР после Русско-японской войны.

Спорной можно считать версию о происхождении от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках нет корня, который бы легко и без натяжек превратился в «Симагут». В отличие от фамилий вроде Симаков или Симанов, где основа «Сима» — сокращение от имени Симон, здесь основа трёхсложная и не поддаётся славянской разбивке. Поэтому японская гипотеза остаётся основной, хотя окончательно подтвердить её можно только по генеалогическим документам конкретной семьи.