Фамилия Симушкин образована не от имени Сима, как можно было бы подумать на первый взгляд, а от уменьшительной формы Симушка. В русской ономастике это типичная модель: к основе (имени или прозвищу) добавляется ласкательный суффикс -ушк-, а затем фамильный -ин. То есть Симушка — это человек, которого ласково называли Симой, а его потомки стали Симушкиными.

Корень здесь восходит к крестильному имени Симон (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). В народной речи имя Симон сократили до Сима, а затем к нему добавили суффикс -ушк-: так появилось прозвище или неофициальное имя Симушка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу (Симонов — сын Симона), фамилия Симушкин несёт оттенок ласки или принадлежности к семье, где главу звали именно Симушкой. Сравните с однокоренными Симухин, Симулин — все они образованы от разных уменьшительных форм одного имени.

Фамилия редкая и географически тяготеет к центральным и северным регионам России, где сохранились архаичные формы личных имён. Встречается в основном в Нижегородской, Костромской и Владимирской областях. В документах XVII–XVIII веков Симушкины могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилия не указывает на дворянское происхождение, так как суффикс -ин в таких случаях типичен для простонародья.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: от прозвища Симушка, которое могли дать человеку с тихим, «симпатичным» нравом (от диалектного «симкать» — ласкать, баловать). Но основная гипотеза надёжнее — она подкреплена массой аналогичных фамилий (Ванюшкин, Петрушкин, Микушкин), где уменьшительная форма имени очевидна.