Фамилия Синегноева — редкий случай, когда основа читается буквально, но сразу ставит в тупик: при чём тут гной? На самом деле, всё проще и прозрачнее, чем кажется. Фамилия образована от прозвища Синегной. В русских говорах «гной» — это не только медицинский термин, но и диалектное название болота, трясины, зыбкого топкого места. «Синий гной» — народное описание гнилого, холодного, застойного болота с синеватым отливом воды или ила. Такое прозвище мог получить человек, живший у подобного болота, или, реже, человек с болезненно-синюшным цветом кожи (в старину телесные особенности редко давали прозвища с такой откровенной негативной окраской — скорее, это была бы насмешка, но вряд ли она закрепилась бы как фамилия). Версия с болотом надёжнее и встречается в ономастических работах, посвящённых «географическим» прозвищам.

Модель образования классическая для русского Севера и северо-востока: прозвище плюс суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Синегноя). Женская форма Синегноева — это либо жена, либо дочь Синегноева. Фамилия не получила широкого распространения, её очаги, по данным современных телефонных справочников и архивных выборок, тяготеют к Вологодской, Архангельской и Кировской областям — как раз к зоне таёжных болот и топей, где такое прозвище было бы понятно каждому местному жителю.

Интересная деталь: в некоторых переписях XVII века встречается написание «Синегнов» (без -ое-), что говорит о стяжении гласных в живой речи. Это подтверждает, что фамилия бытовала в устной традиции задолго до фиксации в документах. В целом, Синегноева — редкий пример того, как фамилия сохранила не столько личное качество человека, сколько ландшафтную характеристику места, где жили его предки.