Фамилия Синепальникова — женская форма от мужской Синепальников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Синепальник. В основе лежит редкая словообразовательная модель: прилагательное «синий» + существительное «пальник». Разберёмся, что это могло значить.

Слово «пальник» в русских говорах имело два основных значения. Первое — «палёный, горелый лес», «пожарище», «гарь». В этом случае Синепальником могли назвать человека, жившего у синего (тёмного, выгоревшего) леса, либо того, кто занимался подсечным земледелием — выжигал участки леса под пашню. Второе значение — «орудие для паления», например, фитиль для поджога или самодельное огнестрельное приспособление. Тогда прозвище могло закрепиться за пушкарём, охотником или мастером, делавшим такие вещи.

Суффикс -ник типичен для русских прозвищ, образованных от местности или орудия труда (сравните: Котельник, Пальник, Лесник). А цветовая характеристика «синий» могла указывать на оттенок гари или дыма, но не исключено, что это иносказательное, образное прозвище — например, «синий, как головешка», то есть очень смуглый или мрачный человек.

Версия о связи с «синим пальцем» (от слова «палец») маловероятна: в русском языке суффикс -ник редко образует прозвища от частей тела, и для такого случая скорее ожидалась бы форма Синепалец или Синепальцев. Поэтому корень «пальник» (от «палить») — основной и надёжный.

Фамилия редкая, географически может быть привязана к северным и центральным областям России, где было распространено подсечное земледелие и где говоры сохранили слово «пальник». По сословной принадлежности — скорее всего, крестьянская или однодворческая, без дворянских корней.