Фамилия Синичников в привычном нам виде — это отчество, то есть «сын Синичника». За этим прозвищем, которое и стало основой фамилии, в русских говорах стояло несколько значений, и какое из них закрепилось за конкретным родом, сегодня уже не узнать. Разброс версий широк: от внешности до ремесла.

Самая простая и часто лежащая на поверхности трактовка — прозвище Синичник дали человеку за сходство с птицей. Миниатюрное сложение, яркая деталь в одежде или, наоборот, подвижный, вертлявый нрав — всё это могло стать поводом для такого именования. Не исключено и прямое занятие: синичником могли называть ловца синиц, которые шли и на продажу, и на пищу.

Более интересная версия отсылает к профессиональным прозвищам. В старых говорах глагол «синить» означал не только «делать синим», но и вообще «красить ткань в любой цвет». Поэтому Синичником могли прозвать красильщика. Существовал и узкий профессиональный термин «синель» — особый вид кручёной нити, и мастер, который её выделывал, тоже получал прозвище Синичник. Так что человек с этой фамилией вполне мог быть потомком ремесленника, а не просто обладателем птичьего лица.

О древности корня говорят ранние упоминания однокоренного прозвища Синий. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» записаны Синий Александр Семенович Жеребцов (начало XV века) и Иван Семенович Синий Рождественский Всеволож (вторая половина XV века). Эти имена показывают, что прозвищная традиция, из которой выросла фамилия Синичников, существовала уже в XV веке.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Синичников буквально значит «сын Синичника». Такая модель была типична для фамилий, которые закрепились в среде крестьянства и мещанства, часто после отмены крепостного права, когда людям массово нужны были официальные фамилии. До этого прозвище Синичник могло жить в семье несколько поколений, не будучи зафиксированным в документах.

Встречаемость фамилии в южнорусских и украинских землях подтверждается документально. Так, в базе данных Приморского края упоминается Синичников Гавриил Евсеевич, украинец, родившийся в 1882 году в Черниговской губернии. Это говорит о том, что фамилия бытовала на территории современной Украины и в XIX веке пришла на Дальний Восток вместе с переселенцами.