Фамилия Синтяков происходит от прозвища или нецерковного имени Синтяк. В основе этого прозвища лежит, скорее всего, слово «синий» — цветовая характеристика. В русских говорах «синяк» означало не только кровоподтёк, но и человека с тёмным, смуглым лицом, или того, кто часто пьёт (от выражения «синий нос»). Форма «Синтяк» могла возникнуть как диалектный или уменьшительно-ласкательный вариант: суффикс -як (как в Мазняк, Костяк) нередко придавал прозвищу бытовой, «свойский» оттенок.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа Синтяк- плюс патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын Синтяка». Такую фамилию дали не самому прозванному, а его потомкам. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Тамбовской и Воронежской областях, где говоры сохраняли слово «синяк» в значении «смуглый человек». В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии — Синяков, Синягин, но Синтяков стоит несколько особняком из-за редкого суффикса -як, который в русской антропонимии менее распространён, чем -ак.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «син» (могила, памятник) или «синтак» (нечто узкое, острое). Но она не находит серьёзной поддержки у ономастов, так как фамилия не имеет характерных тюркских окончаний и встречается в исконно русских регионах. Скорее всего, предки Синтяковых — крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по внешнему признаку.