Фамилия Синтякова в её нынешнем виде — женская форма, но разговор обычно ведут о мужском предке, Синтякове. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Синтяк. Слово это тёмное, и этимологу приходится выбирать между несколькими версиями.

Самая прямая и правдоподобная связь — с глаголом «синтить» или «синтиться», который в некоторых русских говорах означал «плакать, ныть, капризничать». Тогда Синтяк — прозвище плаксивого, обидчивого человека. Второй вариант — диалектное «синька», «синяк» в значении «синеватый, смуглый» или, реже, «пьяница» (от «синий» как признак запоя). Синтяк могло быть производным с уменьшительным суффиксом -як, как Глушняк от «глухой» или Молчняк от «молчаливый». Третья, менее вероятная гипотеза — от тюркского имени или прозвища, но чёткого корня в тюркских языках для «Синтяк» нет, поэтому славянская основа предпочтительнее.

Суффикс -ов в фамилии указывает на стандартную русскую модель принадлежности: «чей?» — Синтяков, то есть сын или потомок Синтяка. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская, и географически привязана к центральным и северным областям России. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия встречается в переписях Вологодской и Костромской губерний, где «синтить» как раз было в ходу. В XIX веке носители Синтяковы фиксируются также в Симбирской и Пензенской губерниях, что говорит о миграции.

Редкость фамилии в том, что она не получила широкого распространения и не «затерлась» в массе Ивановых и Петровых. Синтяковы — это, скорее всего, потомки одного или нескольких родов, где прозвище предка оказалось стойким и передалось детям. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Синьков, Синяков и Синягин, но Синтяков стоит особняком за счёт суффикса -як, который в русской антропонимии встречается реже, чем -ов или -ин.