Фамилия Синюхова — женская форма фамилии Синюхов, и её разбор стоит начать с редкого суффикса -ух-. В русской ономастике суффикс -ух- встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное от прилагательного или глагола с оттенком грубоватости, просторечия или физического недостатка. Основа здесь — «синий», то есть цвет. В старину «синюхой» (или «синюхом») называли человека с синюшным оттенком кожи — возможно, из-за болезни, холода или особенности кровообращения. Прозвище могло закрепиться за тем, кто постоянно мёрз, страдал от сердечной недостаточности (отсюда синюшность губ и пальцев) или просто имел смуглую, с синеватым отливом кожу.

Есть и вторая, более бытовая версия: «синюхой» на некоторых территориях называли синюю краску, синьку, которой белили стены или красили ткани. В этом случае прозвище мог получить красильщик или маляр — человек, работавший с синими пигментами. Такая профессиональная привязка правдоподобна: в русских говорах слово «синюха» зафиксировано и как название растения с синими цветами (например, синюха голубая), но для прозвища скорее брали цвет как устойчивый признак, а не ботанический термин.

Фамилия Синюхов встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В этих краях суффикс -ух- был продуктивен для образования прозвищ: ср. Лепёхин, Грязнухин, Бледнухин. Модель образования простая: прозвище Синюха → притяжательное прилагательное Синюхов (чей? — Синюхов сын) → фамилия. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Синю́хов.

В отличие от более частых фамилий на -ов (Синёв, Синяев), форма с -ух- сохраняет оттенок именно прозвища, а не просто указания на цвет. Носитель фамилии Синюхов в XVI–XVII веках, вероятно, был крестьянином или посадским человеком, получившим уличное имя за внешность или ремесло. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно народная, низовая ономастика.