Сиса — производная форма имени Сисой (или Сысой), которое в переводе с древнееврейского означает «шестой» или «беломраморный». В истории православия известно два святых покровителя этого имени: преподобный Сисой Великий и преподобный Сисой, схимник Печерский (день их памяти приходится на 19 июля). Скорее всего, основатель рода Сисиных был человеком из простого сословия. По другой версии, фамилия Сисина образована от прозвища Сися. В псковском диалекте слово «сися» имеет значение «неуклюжий, неопрятный человек». В таком случае прозвище Сися указывало на особенности внешности или поведения основателя рода. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сиса, со временем получил фамилию Сисина.