Фамилия Сисенко звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины. В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились за казаками и крестьянами, означая «сын» или «потомок» человека по имени или прозвищу, стоящему в основе.

С основой сложнее. В русских и украинских говорах слово «сисый» могло означать «сизый» (через диалектное «сизь» — голубовато-серый цвет) или относиться к человеку с бледной, нездоровой кожей. Прозвище Сисый давали либо за внешность, либо за привычку. Встречается и версия, что корень связан с глаголом «сисеть» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который сидит без дела или киснет. Прямого родства с «сосунком» или «сиськой» тут нет: это народная этимология, которая не подтверждается диалектными словарями.

Таким образом, Сисенко — это потомок Сиса, то есть человека с прозвищем Сисый. Географически фамилия разбросана по центральной и восточной Украине, встречается и в южных областях России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. В дореволюционных метрических книгах её фиксировали как Сисенко, Сисенков, а в некоторых записях — даже Сысенко, что только подтверждает народное произношение с твёрдым «ы».

Сословной привязки у фамилии нет: Сисенко могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще закреплялись за великорусским населением, модель на -енко оставалась маркером украинского происхождения, даже если носитель давно живёт за пределами Украины.