Фамилия Сисюкова — женская форма от Сисюков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Сисюк. Основа здесь — корень «сис-», который в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться с ними — ключ к пониманию происхождения фамилии.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «сиська» или «сися» — грудь, сосок. В этом случае прозвище Сисюк могли дать либо кормилице (редкий случай для мужского прозвища, но возможный), либо младенцу, который долго не отлучался от груди. Однако более реалистично другое объяснение: в псковских и тверских говорах «сисюк» означало «сосуна», «молокососа» — так дразнили молодого, неопытного парня, юнца. Фамилия, таким образом, могла закрепиться за предком, который в молодости получил такое уличное прозвище, а позже оно перешло к потомкам.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с глаголом «сисеть» (сипеть, свистеть). Если человек говорил сипло или имел свистящий выговор, его могли прозвать Сисюком — по характерному звуку речи. В этом случае фамилия попадает в разряд прозвищ по физиологическим особенностям, как Хрипунов или Шептунов.

Модель образования проста: суффикс -юк характерен для украинских и южнорусских фамилий. Он указывал на принадлежность к роду: Сисюк — сын или потомок человека по прозвищу Сисюк. А окончание -а в женском варианте — стандартная русская грамматическая форма, показывающая, что речь идёт о женщине из рода Сисюковых.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в украинских землях бывшей Слобожанщины — там, где суффикс -юк особенно распространён. Среди однокоренных — Сисёв, Сисин, Сисюнин, но все они редки. Спорных версий у фамилии немного: попытки возвести её к тюркскому корню «сис» (опухоль) лингвистически слабы, так как словообразование через -юк для таких заимствований нетипично.