Фамилия Сиско — редкий случай в русской ономастике, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько вероятных корней, и ни один из них не лежит на поверхности. В отличие от типичных «профессиональных» или «патронимических» фамилий на -ов, эта фамилия осталась без стандартного суффикса, что сразу указывает на её возможное нерусское или позднее происхождение.

Самый прямой путь к разгадке — украинское или белорусское слово «сиська» (в значении «сосок» или, в переносном смысле, «сосущий грудь»). В таком случае фамилия могла быть прозвищем для младенца или, с большей вероятностью, для взрослого человека, которого за что-то сравнивали с грудным ребёнком — например, за капризность или несамостоятельность. Однако в ономастике такие «бытовые» прозвища, основанные на частях тела, скорее исключение, чем правило, и часто переосмысливались в более благозвучные формы.

Другая, более убедительная версия связывает Сиско с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «сис» или «сиз» означает «опухоль», «нарыв» или «больной». Прозвище Сыско (Сиско) могли дать человеку с заметной физической особенностью — например, с шишкой или опухолью на лице. Такие прозвища были распространены на юге России, в казачьих областях и в Поволжье, где русские фамилии нередко впитывали тюркскую лексику. Фонетически переход «сы» в «си» — обычное явление для южнорусских говоров.

Нельзя сбрасывать со счетов и вариант искусственного происхождения. В XIX веке, при массовом присвоении фамилий бывшим крепостным, писари могли записать фамилию по первому слову, которое пришло в голову, или исказить исходную. Например, редкое греческое имя Сисиний (через форму Сис) или польское Siskowski (Сисковский) при сокращении могли дать «Сиско». Но такие случаи единичны и не поддаются проверке без конкретной семейной истории.

Географически фамилия Сиско встречается не повсеместно. Основные очаги — западные области России (Брянская, Смоленская), а также Украина и Беларусь. Это совпадает с ареалом бытования украинского слова «сиська» и указывает на преимущественно западнорусские или малороссийские корни. В центральных и северных регионах фамилия редка, что подтверждает её локальный характер.

Словообразовательно фамилия уникальна тем, что она «голая» — без суффикса принадлежности. Обычно русские фамилии оформлялись суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский. Сиско же стоит в форме чистого прозвища, как, например, Сорока или Шило. Это говорит о том, что фамилия либо очень древняя (когда такие формы ещё были в ходу), либо, наоборот, поздняя и зафиксирована в документах уже в XX веке, когда требования к «облагораживанию» фамилий ослабли.

Таким образом, перед нами фамилия-загадка с двумя основными версиями: западнорусской (от «сиська») и тюркской (от «сис» — опухоль). Первая более прозрачна по языку, вторая — по логике прозвища. Какую из них считать верной для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать нельзя.