Фамилия Сисюков — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «сисюк» наводит на мысль о диалектном или просторечном слове. И действительно, в русских говорах «сися» или «сиська» — это не только детское название груди, но и, в переносном смысле, прозвище изнеженного, капризного или слишком привязанного к матери человека. Так могли назвать «маменькиного сынка» или просто обидчивого парня. Однако это лишь одна, бытовая версия.

Гораздо интереснее взглянуть на суффикс. Фамилия образована по стандартной модели «-ов» от прозвища Сисюк. Но если бы исходное слово звучало как «Сисюк», логичнее было бы ждать форму «Сисюков» — она и есть. А вот если бы в основе лежало имя или прозвище «Сисой» (от греческого «Исидор» или «Сисой» — монашеское имя), то фамилия звучала бы как Сисоев. Здесь же мы видим «Сисюк» — уменьшительно-уничижительную форму от «Сисой». То есть, скорее всего, предка звали Сисоем, а в быту его дразнили или называли ласково Сисюком, и это прозвище закрепилось за детьми.

Есть и третий, более редкий вариант: связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «сис» означает «опухать», «вздуваться», но такое прозвище было бы маловероятным. Поэтому самая правдоподобная версия — русская, от имени Сисой через форму Сисюк. Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает её русское происхождение с возможным украинским влиянием (суффикс «-юк» характерен для украинской антропонимии, но в данном случае он уменьшительный, а не патронимический). Сословного барьера у Сисюковых не было: это фамилия крестьян, мещан и казаков, без связи с дворянством.