Фамилия Сивущин — редкий пример, где суффикс -ин присоединился к основе, оканчивающейся на шипящий. В русской антропонимии это допустимо, но встречается нечасто: обычно фамилии на -ин образуются от слов на -а/-я (Синица — Синицын), а здесь исходное слово, скорее всего, звучало как «сивущ» или «сивуча». Однако гораздо вероятнее, что в основе лежит прозвище Сивуха.

Сивухой называли не только плохое хлебное вино, но и человека, который его любил или производил. В говорах «сивуха» — ещё и рыба (ерш, бычок), а также прозвание за сивый, то есть серый или седой, цвет волос. От «сивуха» притяжательная форма — Сивухин, но если прозвище было Сивущ (с утратой -х- и заменой на -щ- в результате диалектного смягчения или искажения), то закономерно появился Сивущин. Такая модель — от прозвища на -ущ, -ющ — встречается у фамилий вроде Гущин (от гуща) или Хрущин (от хрущ).

Вторая, более прямая версия: прозвище Сивущ могло означать «сиплый, хриплый». В южнорусских говорах «сивухать» — сипеть, кашлять. Человек с хриплым голосом получал прозвище Сивущ, а его дети — Сивущины. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине: встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани, что подтверждает связь с южнорусской диалектной лексикой.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Сивущин сохранил более архаичный способ именования — по личному прозвищу отца, без сословной привязки. Носитель фамилии мог быть крестьянином, бондарем (делал сивуху) или просто человеком с приметным голосом. Словообразовательная модель с суффиксом -ин при основе на шипящий — редкая, и сама фамилия не получила широкого распространения, оставшись локальной.