Фамилия Сизенкова образована от мужской формы Сизенков, которая в свою очередь восходит к прозвищу Сизенок. В основе лежит прилагательное «сизый» — так в русских говорах называли человека с синеватым оттенком кожи, седоватого или с очень светлыми, «сизыми» глазами. Уменьшительный суффикс -енок (как в словах «котенок», «ребенок») указывает на то, что прозвище дали молодому человеку или, что вероятнее, сыну человека с прозвищем Сизый. Таким образом, Сизенок — это «маленький Сизый», а Сизенков — «сын Сизенка» или «потомок Сизого».

Модель образования с суффиксом -енков характерна для центральных и южнорусских регионов, где фамилии часто фиксировали не отчество, а прозвище отца в форме, указывающей на родство. В северных и поволжских областях предпочтение отдавали суффиксу -их/-ых (Сизенков — Сизенковы), но фамилия Сизенков встречается повсеместно. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей этой фамилии зафиксирована в Тверской, Псковской и Смоленской областях, что подтверждает её западное и центральное происхождение.

Интересно, что прозвище Сизый могло относиться не только к внешности. В некоторых диалектах «сизым» называли голубя (отсюда устойчивое «сизый голубь»), и прозвище могло получить человек, державший голубей или похожий на эту птицу повадками. Однако основная версия — цветовая характеристика, которая в русской ономастике дала множество фамилий: Сизов, Сизяков, Сизинцев, Сизоненко. Сизенков стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса, который делает фамилию более «личной», подчеркивая конкретное родство, а не просто признак.

В дворянские родословные книги фамилия не попала: Сизенковы — это в основном крестьянский и мещанский род. В ревизских сказках XIX века они записаны как государственные или помещичьи крестьяне в Тверской и Ярославской губерниях. Таким образом, предки современного носителя фамилии Сизенкова, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками, а сама фамилия возникла в XVI–XVII веках, когда прозвища начали закрепляться в качестве наследственных имен.