Фамилия Скакунов происходит от прозвища Скакун, а то, в свою очередь, — от глагола «скакать». Здесь всё прозрачно, и гадать о происхождении почти не приходится. Скакуном на Руси называли человека, который быстро двигается, любит прыгать, не сидит на месте. Чаще всего так дразнили шустрых, непоседливых детей, которые скачут по двору с утра до вечера. Но у прозвища есть и второе, вполне конкретное значение — всадник, тот, кто скачет верхом. Поэтому предок носителя фамилии Скакунов мог быть и резвым мальчишкой, и взрослым наездником, чья работа или удаль была связана с лошадьми.

Слово «скакун» в этом смысле не было редкостью в народной речи. Им называли и породистую лошадь, и человека, который лихо управляется с конём. В этом случае прозвище могло закрепиться за конюхом, пастухом или казаком — тем, для кого верховая езда была ремеслом. Скакун — прозвище по характеру или по занятию, и обе версии правдоподобны. Слабее выглядит предположение, что прозвище как-то связано с отрицательными качествами: в скачке видели суетливость, но для фамилии чаще брали основу положительную или нейтральную.

Сама фамилия образована по простой и самой распространённой на Руси модели: прозвище Скакун плюс притяжательный суффикс -ов. Такой суффикс отвечал на вопрос «чей?» и означал принадлежность: Скакунов — сын Скакуна, потомок человека с таким прозвищем. По этой же схеме возникли тысячи русских фамилий от прозвищ: от Беляка — Беляков, от Говоруна — Говорунов. Скакунов стоит в этом ряду, и его форма не вызывает споров.

Интересно, что фамилия Скакунов не единственная в своём гнезде. Рядом живут однокоренные: Скакун, Скакуновский, Скакунец. Но именно форма на -ов закрепилась как самая массовая, потому что она легко встраивалась в систему русских отчеств и фамилий. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии начали фиксироваться у крестьян и посадских людей, прозвище Скакун встречалось в разных уездах, что говорит о его широкой распространённости. Географически фамилия не привязана к одной области — она бытует и на севере, и в казачьих землях, что лишний раз подтверждает: прозвище было общенародным.

Потомок человека с прозвищем Скакун со временем получил фамилию Скакунов. Так из живого прозвища, которое давали за резвость или за мастерство ездока, выросла фамилия, и теперь она не описывает характер, а лишь указывает на предка.