Фамилия Скакунов восходит к прозвищу Скакун, которое произошло от глагола "скакать". Скакуном обычно называли резвого, подвижного, любящего прыгать ребенка. Так, предок обладателя фамилии Скакунов мог быть всадником. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Скакун, со временем получил фамилию Скакунов.