Фамилия Скакунова восходит к прозвищу Скакун, которое ведет свое начало от глагола «скакать». Скакуном обычно называли резвого, подвижного, любящего прыгать ребенка. По другой версии, в основе этого прозвища лежит нарицательное «скакун» в занчении «игрушка, грудная кость гуся, с насторожкой, от которой она прыгает козлом» (В. В этом случае Скакуном могли называть либо любителя такой игрушки, либо ее изготовителя. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Скакуновых мог быть всадником. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Скакун, со временем получил фамилию Скакунова.