Фамилия Скалюнов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило в памяти исходный смысл. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Скалюна), остаётся корень «скал-» и необычный суффикс -юн-. Это не типичное образование от имени или профессии, а скорее прозвищная модель, характерная для северных и сибирских говоров.

Слово «скалюн» в диалектах русского языка означало «насмешник, зубоскал», того, кто «скалит зубы» — то есть постоянно улыбается или язвит. В ономастике это относится к группе «поведенческих» прозвищ: Скалюн — человек с весёлым, острым на язык нравом, возможно, балагур. Суффикс -юн (как в «ворчун», «молчун») придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства характера.

Есть и менее очевидная версия, которую поддерживают некоторые краеведы: в псковских и тверских говорах «скала» — это не только камень, но и «щель, расселина». Тогда «скалюн» могло быть прозвищем худого, узкоплечего человека или того, кто жил у оврага. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от географических объектов в такой форме (Скалюнов, а не Скалин) встречаются реже, и основное значение «зубоскал» надёжно фиксируется словарём русских народных говоров.

Фамилия явно недворянская и недуховная: в среде священников и дворянства такой прозвищный суффикс не прижился. Скорее всего, Скалюновы — потомки крестьян или посадских людей из северо-западных областей России, где сохранилась эта лексика. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Вологодской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает северное происхождение.

Любопытно, что в современном русском языке слово «скалюн» исчезло, а фамилия осталась — как застывшая характеристика предка, который «скалил зубы» не от злости, а от смеха.