Фамилия Скамьина хранит память о прозвище дальнего предка — Скамья. Это прозвище, в свою очередь, образовано от нарицательного существительного «скамья» — длинной мебели для сидения нескольких человек, широких толстых досок на четырех ножках, соединенных проножками. Ножки могли вытесываться из цельной доски и назывались глухими, а скамья со спинкой — переметной или опрометной. По типу скамьи делились на малые, передаточные, и большие, спальные, на которых отдыхали после обеда. На одном конце спальной скамьи нередко устраивали взголовашек, или подголовашек, — приподнятое изголовье, которое могло служить ларцом. Такие подголовки особенно широко использовали богатые новгородские купцы, а лучшие из них мастерили в Холмогорской стороне.

Скорее всего, прозвище Скамья относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род занятий человека. Логично предположить, что предок носительницы фамилии был плотником, который делал скамьи и скамейки на заказ. Впрочем, возможен и другой, менее лестный вариант: Скамьей в насмешку могли прозвать человека, который не любил много работать и предпочитал часами лежать на лавке. Обе версии имеют право на существование, но первая выглядит правдоподобнее: в основе большинства русских фамилий лежат именно ремесленные прозвища, а не бытовые насмешки.

Сама фамилия Скамьина образована по простой и распространенной модели: к основе Скамь- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такую форму получали фамилии от слов, оканчивающихся на -а или -я: если глава семьи носил прозвище Скамья, то его дети и домочадцы записывались как Скамьины, то есть «семья Скамьи». Родственными по происхождению будут фамилии Скамьин, Скамеев, а также, возможно, Скамейкин, хотя последняя встречается реже.