Фамилия Скирлиу — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор обычно начинается не с корня, а с географии. Носители фамилии сосредоточены на юге России и в Причерноморье, прежде всего в Краснодарском крае и Крыму. Это прямо указывает на её греческое происхождение: формант «-у» — типичное окончание для новогреческих фамилий, особенно тех, что попали в Россию с волнами переселения греков из Османской империи в XVIII–XIX веках.

Основа фамилии — греческое слово «скирлис» (σκύρλης) или диалектный вариант, означающий «быстрый», «проворный», а также «ласка» или «горностай» — мелкий, юркий зверёк. Скорее всего, прозвище Скирлиу дали подвижному, шустрому человеку. Встречается и версия, что корень восходит к греческому «скирос» (σκυρός) — «твёрдый», «жёсткий», но она менее вероятна, так как не объясняет характерный для фамилий суффикс «-лиу».

Словообразовательная модель проста: полное прозвище Скирлис (или Скирли) при переносе в русскую среду получило типичное греческое окончание родительного падежа «-у» (означающее «из семьи Скирлиса»). В отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», здесь нет суффикса принадлежности — фамилия застыла в форме, которая в греческом языке указывала на происхождение от конкретного предка.

Среди однокоренных фамилий можно назвать Скирлис, Скирлас и Скирлов (последняя — уже результат русификации). Скирлиу выделяется тем, что сохранила исходный греческий облик почти без изменений. Искать в ней славянские корни или связь с украинским «скирта» (стог сена) было бы ошибкой — фонетика и ареал бытования однозначно говорят в пользу греческой версии.