Фамилия Скобыкова — женская форма, а мужская — Скобыков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Скобка. В русских говорах слово «скобка» имело два основных значения: либо железная скрепа, скоба, либо особая манера стрижки — «в скобку», когда волосы ровно подрезались по кругу, чаще всего у крестьян и мещан. Человек, которого прозвали Скобкой, мог быть кузнецом или плотником, работавшим со скобами, а мог просто носить такую причёску, которая бросалась в глаза и становилась отличительным признаком.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ов-/-ев- присоединялся к основе, указывая на принадлежность — «чей сын?» — «Скобков сын» или «из рода Скобки». Позже фамилия закрепилась за потомками. Интересно, что параллельно существовала фамилия Скобкин, образованная от той же основы, но с другим суффиксом -ин, что указывает на возможное соседство разных ветвей одного рода в одной местности.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «скобыкать» — то есть ходить, прихрамывая, или делать что-то неловко. Слабость этой гипотезы в том, что такой глагол не был широко распространён, и маловероятно, чтобы он породил устойчивое прозвище, в отличие от предметного «Скобка».

Географически фамилия Скобыков (и Скобыкова) чаще всего встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской, а также на Урале. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были в основном крестьянами или ремесленниками из тех краёв. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, так что социальный корень — однозначно не аристократический, а народный, трудовой.