Фамилия Скоков в подавляющем большинстве случаев образована от прозвища Скок, а оно, в свою очередь, — от глагола «скакать». Так могли назвать и резвого ребенка, который не ходит, а прыгает, и взрослого человека, отличавшегося подвижностью, ловкостью и бойким нравом. Прозвище было настолько метким, что закреплялось за человеком как основное именование, а его потомки со временем стали писаться Скоковыми.

Однако у этой фамилии есть и вторая, менее очевидная версия происхождения. Она связана с топонимами: селения с названиями Скоково, Скоковка встречаются в разных регионах России и Украины. Вполне вероятно, что основатель рода был выходцем из одного из таких мест, и прозвище Скок закрепилось за ним по названию родной деревни. Эта версия не противоречит первой: обе опираются на один корень, но объясняют мотивацию по-разному.

В исторических документах фамилия фиксируется достаточно рано. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает князя Ивана Васильевича Скока Кашина-Оболенского, жившего в первой половине XVI века, а также крестьянина Мину Скокова из Обонежья. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от знати до простых крестьян.

В документах середины XX века встречаются, например, Скоков Аким Федорович (1883 года рождения, уроженец Скоковки Самарской губернии, врач), Скоков Григорий Лазаревич (1905 года рождения, село Ворониха Алтайского края), Скоков Илья Павлович (1902 года рождения, город Петропавловск, Татарстан). Разброс географических точек — от Самары до Алтая — говорит о том, что фамилия распространилась широко, но особенно плотно встречается в Поволжье и на юге России.

Отдельного упоминания заслуживает родственная фамилия Скоковский. Она образована по той же модели от прозвища Скок, но с добавлением суффикса -ский, что характерно для фамилий, связанных с географическими названиями. Это еще один аргумент в пользу того, что часть Скоковых могла получить фамилию именно от местности, а не только от личного прозвища.