Фамилия Скоко — редкий пример фамилии, образованной не от полного слова, а от глагольной формы. В основе лежит древнерусское «скокъ» — прыжок, скачок, или же повелительное наклонение глагола «скакать»: «скоко!». Второй вариант правдоподобнее: прозвище Скоко могли дать человеку порывистому, быстрому, непоседливому, который не ходил, а скакал. Такие прозвища на Руси давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно русские фамилии заканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский. Скоко — чистая основа, без суффикса, то есть фамилия не склонялась и не адаптировалась под патронимическую систему. Это указывает на её возможное украинское или южнорусское происхождение: в этих регионах фамилии в форме чистого прозвища (Тряс, Стук, Скок) встречаются чаще, чем на севере. По той же модели образованы фамилии Скачко, Скоков, но Скоко — более архаичный вариант.

Версия о происхождении от слова «сколько» (в диалектном произношении «скоко») маловероятна. Такое прозвище могло бы возникнуть у человека, который часто употреблял это слово, но в ономастике известны единичные случаи, и они не подтверждаются словарями. Основное значение — глагольное, от движения.

Географически фамилия встречается в основном на западе России и в восточной Украине. В дореволюционных переписях носители Скоко фиксировались среди крестьян и казаков, но сословная привязка слабая: фамилия редкая, и её носители могли быть из разных слоёв. В современной России фамилия остаётся малочисленной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — каждый носитель, скорее всего, происходит из одного или двух родовых гнёзд.