Фамилия Сколотина — женская форма фамилии Сколотин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем. В основе лежит слово «сколотень» или «сколоток». В русских говорах так называли осколок, щепку, отбитый кусок чего-либо, а в переносном смысле — крепкого, сбитого человека, «сколоченного» как следует. В словаре Даля «сколоток» — это не только щепка, но и приемыш, подкидыш (ребенок, «сколоченный» в семью). Поэтому первая и самая прямая версия: Сколотиными называли потомков человека по прозвищу Сколотень — либо сильного и коренастого, либо, наоборот, приемного сына.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или дочь Сколоти. В этом плане фамилия встаёт в один ряд с другими «предметными» прозвищными фамилиями вроде Щепкин, Лучинкин, Камешкин. Менее вероятна, но возможна связь с названием древнего племени скифов-сколотов — эту версию иногда выдвигают в народной этимологии, но лингвистически она слаба: фамилия Сколотин никак не соотносится с историческим этнонимом, который имел ударение на второй слог и иное значение.

Географически фамилия Сколотины встречается в основном на Русском Севере, в Архангельской и Вологодской областях, а также в Приуралье. Это подтверждает бытовое, а не книжное происхождение: в северных говорах слово «сколоток» было в ходу. Встречается и вариант написания через два «о» — Сколлотин, но он редок и, скорее всего, поздний, возникший из-за ошибки в документах.

Сословная принадлежность у Сколотиных, как и у большинства носителей фамилий на -ин, была разной: от государственных крестьян до мещан. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах, например, в Шенкурском уезде Архангельской губернии. Сколотины не относились к дворянству — это фамилия «низовая», народная, без аристократического герба, но с ясным и живым корнем.