Фамилия Скопинкер — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а еврейское (ашкеназское) слово, и при этом окончание у фамилии нехарактерное для восточноевропейских фамилий. Разберём её по частям.

Корень «скопин» в русском языке обычно ассоциируется с городом Скопин (Рязанская область) или со словом «скоп» (толпа, собрание), но здесь он, скорее всего, не при чём. В еврейской ономастике фамилия восходит к идишскому «скопинкер» — житель местечка Скопинк (Skopink). Такое название носили несколько местечек на территории современной Польши и Украины (например, Скопинк в Люблинском воеводстве). По модели образования это типичная топонимическая фамилия: название населённого пункта + суффикс «-ер», обозначающий выходца оттуда («скопинкер» — «тот, кто из Скопинка»). Окончание «-ер» в русской записи сохранило идишскую форму, не перейдя в более привычные «-ов» или «-ский», что указывает на позднее оформление фамилии (конец XIX — начало XX века) и на то, что её носители жили в черте оседлости, где фамилии часто фиксировали по месту жительства, а не по отчеству.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия: от прозвища «Скопин» (от глагола «скопить» — накапливать) с добавлением немецкого суффикса «-ер», который в некоторых регионах (например, в Прибалтике или среди немецких колонистов) мог прирастать к русским основам. Но для этой гипотезы нет письменных подтверждений, и она не объясняет, почему носители фамилии почти всегда оказываются еврейского происхождения.

Таким образом, предки носителей фамилии Скопинкер, с высокой вероятностью, жили в местечке Скопинк, откуда и вынесли своё фамильное имя. Фамилия не указывает на род занятий или характер, а служит географическим маркером, сохранившим название небольшого поселения, которое сегодня может быть уже не найти на карте.