Фамилия Скопкарев — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не просто называло профессию, а указывало на вполне конкретную и не самую почётную в народе роль. В её основе лежит слово «скопкарь» — так в некоторых русских говорах называли человека, занимавшегося оскоплением, то есть кастрацией. Речь идёт о представителях секты скопцов, чей религиозный обряд требовал этой операции, или о тех, кто проводил её за плату. Прозвище было резко отрицательным, осуждающим, и закрепилось за предком, скорее всего, не по его воле, а от соседей.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе «Скопкарь», указывая на принадлежность: «сын Скопкаря». Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Скопкарёв, хотя в бытовой речи встречаются варианты. Родственные фамилии по той же модели — Скопцов, Скопин, но Скопкарев стоит особняком: суффикс -арь (как в «гончар», «пекарь») подчёркивает, что речь шла о человеке, для которого это было ремеслом или постоянным занятием.

В ономастике нет единого мнения о том, насколько широко было распространено такое прозвище. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные основы к разряду «неприятных» прозвищ, которые, тем не менее, давали, чтобы подчеркнуть отталкивающую черту человека. Иные версии, например, связь с диалектным «скоп» (толпа, куча) или «скопка» (скоба), маловероятны: они не объясняют характерный суффикс -арь. В говорах слово «скопкарь» зафиксировано именно в значении «оскопитель», и это ключевой факт.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где в XVIII–XIX веках были сильны общины скопцов — в Костромской, Ярославской, Тамбовской губерниях. Встречается она редко, что логично: прозвище было настолько нелестным, что его обладатели или их дети при первой возможности меняли фамилию на более благозвучную. Поэтому современные носители фамилии Скопкарев — это потомки тех, кто либо не смог избавиться от «метки», либо жил в глухих местах, где контроль церкви и государства был слабее.