Фамилия Скорлупина образована от прозвища Скорлупа, а точнее — от его уменьшительной формы Скорлупка. В основе лежит нарицательное слово «скорлупа»: так называют твёрдую природную оболочку птичьих яиц, плодов деревьев, а в старину — ещё и панцирь ракообразных. Модель типичная для русских фамилий: прозвище отца перешло к детям через притяжательный суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Скорлупин — значит «сын Скорлупы».

Прозвище Скорлупа могло закрепиться за человеком по двум разным причинам. Первая — характер. Скорлупа — это оболочка, которая скрывает содержимое, поэтому так могли назвать замкнутого, необщительного человека с твёрдым, «непробиваемым» нравом. Вторая версия бытовая: прозвище мог получить тот, кто постоянно лузгал семечки, — в народе такой привычный щелчок тоже сравнивали со скорлупой. Обе трактовки правдоподобны, но первая, связанная с характером, встречается в ономастике чаще: прозвища по внутренним качествам давали охотнее, чем по случайным привычкам.

Интересно, что фамилия сохранила форму женского рода — Скорлупина. В русской традиции это не отдельная фамилия, а указание на принадлежность: так записывали жену или дочь Скорлупина. В документах XIX века женщины часто фигурировали именно в такой форме, и она закрепилась как самостоятельная фамилия у их потомков.

Родственные фамилии — Скорлупов, Скорлупкин, Скорлупченко — встречаются в разных регионах, но все они восходят к тому же корню. Сама фамилия Скорлупина не относится к числу распространённых, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в небольшой местности, где прозвище было хорошо известно соседям.

Точных сведений о сословии первых Скорлупиных нет. Судя по модели образования, фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища передавались естественным путём, без участия церкви и официальных указов. Это фамилия-характеристика: она рассказывает о человеке, которого когда-то прозвали за его натуру или привычку, а потомки уже не расставались с этим именем.