Фамилия Сковпин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь стоит обратить внимание на суффикс -ин, который в русской модели образования фамилий указывает на принадлежность: «чей?» — Сковпин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Сковпа. Само прозвище Сковпа, скорее всего, связано с диалектным словом «сковпа» или «сковп». В русских говорах, особенно северных и псковских, «сковпа» могло означать «черепок», «обломок», «нечто скорлуповатое» или даже «скупой, жадный человек». В словаре Владимира Даля есть глагол «сковыривать» — отдирать, сдирать корку, и можно предположить, что прозвище дали либо человеку с какой-то характерной «отколотой» внешностью (например, сломанный зуб, шрам), либо, в переносном смысле, человеку прижимистому, «обдирале».

Вероятнее всего, основа — не отвлечённое слово, а конкретное прозвище. В ономастике есть примеры фамилий на ту же модель: Сковородин (от «сковорода»), Сковпень (от «сковпень» — долото или зубило). Сковпин могло возникнуть от «сковпень» через усечение или из другого инструментального прозвища. Если предок был ремесленником — плотником или кузнецом, — его могли прозвать Сковпой за использование сковпеня (инструмента для долбления). Тогда фамилия Сковпин — «сын Сковпы», то есть потомок мастера, работавшего с долотом.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. Встречается в Псковской, Новгородской и Тверской областях, что косвенно подтверждает диалектную природу прозвища. Встречаются и варианты написания: Сковпин, реже Сковпень, но именно форма на -ин закрепилась как фамильная.

Другие, менее вероятные версии — от тюркского «сков» (устойчивый, крепкий) или от финно-угорского корня, но для русского уха и по законам русской антропонимии диалектное происхождение выглядит убедительнее. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская, и её носители — люди, получившие прозвище по характерному признаку или ремеслу.