Фамилия Скрыленко — яркий пример украинской модели образования с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и Слобожанщине как основной патронимический формант. Буквально Скрыленко означает «маленький Скрыл» или «сын Скрыла». Вся смысловая нагрузка ложится на основу, а она неочевидна.

Самая вероятная версия — прозвище Скрыл от глагола «скрылить» (скрипеть, издавать резкий звук) или от диалектного «скрыл» — скрипучий, визгливый человек. В северных и центральных говорах Украины так могли назвать того, кто говорит пискляво, или мастера, работа которого сопровождалась скрипом (например, тележника или столяра, работающего непросушенным деревом). Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с глаголом «скрывати» (прятать, скрывать). Тогда Скрыл — это скрытный, необщительный человек. Третья, самая слабая версия, отсылает к польскому «skryć» (укрыть) или «skrytka» (тайник), но для украинской антропонимии XVII–XVIII веков такое заимствование маловероятно без прямых документальных следов.

Словообразовательная модель типична для украинских фамилий, возникших в казацкой среде. Суффикс -енко не указывает на сословие — его носили и крестьяне, и казаки, и мещане. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Скрыленко не привязана к церковному календарю или имени отца: её основа — чисто бытовое прозвище по внешнему признаку или поведению. Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине, где «скрыл» в значении «скрипучий» фиксируется в этнографических записях XIX века. Встречаются варианты написания — Скрыленко, реже Скрыленко — что связано с колебаниями в передаче твёрдого и мягкого «р» в украинских говорах.

Сведений о дворянском происхождении Скрыленко нет. Фамилия не попала в родословные книги Российской империи, что косвенно подтверждает её народное, неслужилое происхождение. В метрических книгах XIX века носители фамилии записаны преимущественно как государственные крестьяне и казаки — то есть свободное сельское население, не знавшее крепостного права. Так что предки современного Скрыленко, скорее всего, были либо ремесленниками, чья работа дала прозвище, либо просто людьми с заметной особенностью — скрипучим голосом или замкнутым характером.