Фамилия Скубайло звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её выдают характерные украинские или белорусские черты. В первую очередь — суффикс -айло. В восточнославянской ономастике он встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, данное по действию или характерной черте. Сравните: Ломайло, Бросайло, Стреляйло. Основа здесь — глагол, а суффикс придаёт прозвищу оттенок активного деятеля, иногда с лёгкой иронией.

Корень фамилии — скуб- — отсылает к глаголу «скубать». В украинском и белорусском языках это слово означает «щипать», «драть», «теребить», «рвать» (например, скубати пір’я — щипать перья, скубати льон — трепать лён). Прозвище Скубайло могли дать человеку по нескольким сценариям. Самый прямой — ремесленный: предок мог быть льнотрепальщиком, чесальщиком шерсти или заниматься обработкой пера. В крестьянском быту это была распространённая, но не самая престижная работа, поэтому прозвище закреплялось за человеком, который постоянно что-то теребил или щипал.

Вторая версия — образная. «Скубайло» могли прозвать того, кто имел привычку дёргать, щипать собеседника в разговоре, или же человека с цепкими, «хватательными» руками. В говорах встречается и значение «сильно мёрзнуть, дрожать» (скубатися), но оно менее вероятно для основы прозвища.

Географически фамилия Скубайло плотно привязана к западу Украины и югу Беларуси. Она характерна для Волыни, Полесья, Подолья. В России встречается редко и, скорее всего, принесена переселенцами XIX–XX веков. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII века в реестрах казацкой старшины и мещанских списках — то есть её носители не были только крестьянами, попадались и грамотные люди, записанные в цеховые книги.

Обратите внимание на ударение: в фамилии оно падает на последний слог — Скубайло́. Это типично для украинской модели прозвищ на -айло (ср. Бандерло́, Гуляйло́). Если бы ударение было на «у» — Ску́байло — это указывало бы на северные русские говоры, но такого варианта в источниках практически нет.

Таким образом, фамилия Скубайло — не загадка, а прозрачное профессиональное прозвище, застывшее в форме. Ваш предок, скорее всего, был человеком работящим, связанным с обработкой волокна или пера, и окружающие запомнили его по этому занятию.