Фамилия Смалькова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Смальков, образована от прозвища или нецерковного имени Смалько. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, здесь необычный суффикс -к- в основе, что сразу указывает на прозвищное происхождение, а не на отчество от крестильного имени.

Вероятнее всего, прозвище Смалько связано с диалектным глаголом «смалить» — жечь, опаливать, палить. В разных говорах это слово имело конкретные ремесленные значения: смолить лодки, выжигать уголь, опаливать туши животных. Обладатель прозвища мог быть смолокуром, дегтярём, угольщиком или человеком, который профессионально занимался опаливанием свиных туш. В некоторых регионах «смальцем» называли вытопленное сало, так что возможна и связь с производством жиров или свечным делом.

Менее правдоподобна, но допустима версия от уменьшительной формы имени Смал, которое могло быть вариантом крестильного имени Смарагд (в переводе с греческого — «изумруд»). Однако такие имена в народной среде были редкостью, и фамилия Смальков встречается в основном в центральных и южных областях России, где развивалось смолокурение и кожевенное производство.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Смальков буквально значит «сын Смалька». Это типичная патронимическая модель для русского Северо-Востока и центра, но с редкой основой, которая не даёт фамилии слиться с массой однотипных образований от канонических имён. Географически Смальковы чаще всего фиксировались в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — зонах, где смолокурение было одним из основных промыслов.

В написании фамилия устойчива: вариант Смольков (от «смола») встречается реже и обычно считается самостоятельной фамилией, хотя по смыслу они близки. Смалькова — не редкая, но и не массовая фамилия, что говорит о её локальном, профессиональном корне без широкого дворянского распространения.