Фамилия Смекаев происходит от личного прозвища или нецерковного имени Смекай, которое давали человеку сметливому, догадливому, быстро схватывающему суть дела. В русских говорах глагол «смекать» означал «соображать, понимать, додумываться», поэтому прозвище Смекай, а затем и фамилия Смекаев закрепились за тем, кто славился живым умом и находчивостью. Такие именования не были редкостью: наряду с ними бытовали фамилии Смекалов, Смекалкин, Смекаловцев, образованные от тех же корней и сохранившие ту же смысловую основу.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: к основе Смекай присоединился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность к роду. Буква «й» в конце основы перед суффиксом закономерно перешла в «е», поэтому фамилия закрепилась в форме Смекаев, а не Смекайев. По такой же модели возникли многие русские фамилии от прозвищ и имён, оканчивающихся на -ай: например, Знаев, Решаев, Болтаев. Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, что делает фамилию Смекаев самобытным памятником славянской культуры.

Прозвища, лёгшие в основу фамилии, могли подчёркивать не только ум, но и практическую сметку, умение выпутаться из трудного положения. В крестьянской и ремесленной среде такое качество ценилось высоко, поэтому прозвище Смекай не несло в себе ничего обидного, а скорее выделяло человека среди односельчан. Впрочем, не исключено, что в отдельных случаях прозвище закреплялось иронично — за тем, кто слишком часто хвастался своей догадливостью, но эта версия менее вероятна и не подтверждается источниками.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Смекаевы встречаются в разных регионах России, и окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Тем не менее, сама фамилия по сей день хранит память о происхождении своего первого носителя: она донесла до нас живое народное слово, которое почти вышло из активного употребления, но осталось понятным каждому русскому человеку.