Фамилия Смигунова — женская форма фамилии Смигунов. В основе её лежит прозвище Смигун, которое восходит к глаголу «смигать» или «смигнуть». В русских говорах это слово означало «моргать», «щуриться» или «делать знак глазами». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, имел привычку часто моргать, щуриться или обладал выразительным, «говорящим» взглядом. В некоторых диалектах «смигун» могло относиться к тому, кто подмигивает, то есть к хитрому или насмешливому человеку.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна. Суффикс -ов- в основе Смигунов указывает на принадлежность: Смигунов — сын Смигуна. Это типичная русская патронимическая фамилия, образованная от прозвища, а не от крестильного имени. Такие фамилии в массе своей сложились в XV–XVII веках, когда прозвища активно становились наследственными. Географически фамилия встречается в разных регионах, но заметна её концентрация в Поволжье и на Урале — в местах, где старые диалектные слова дольше сохранялись в быту.

Интересно, что у фамилии есть почти омонимичный вариант — Смыгунов. В нём корень «смыг-» (смыкать, смыгать) давал значение «тот, кто быстро двигается, шмыгает». Однако для Смигунова первичным остаётся именно «моргание»: глагол «смигать» зафиксирован в словаре Даля с прямым значением «мигать, жмуриться». Таким образом, фамилия Смигунова — один из примеров того, как внешняя черта или поведение человека закреплялись в родовом имени. Никаких документальных сведений о дворянском происхождении или известных исторических носителях этой фамилии нет — она из числа тех, что носили крестьяне и посадские люди, а потому её история — это история быта и языка, а не титулов.