Фамилия Смогунова — женская форма фамилии Смогунов, и её происхождение стоит искать через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Смогун. Словообразовательная модель проста: к основе на -н прибавили суффикс -ов, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ, заканчивающихся на согласный.

Корень «смог-» сразу отсылает к глаголу «смочь» (в древнерусском «съмощи» — быть в силах, осилить). Прозвище Смогун могли дать человеку сильному, способному справиться с трудной работой, или тому, кто отличался упорством и настойчивостью. В говорах встречается слово «смога» — сила, мочь, так что прозвище могло означать «силач» или «могущий». Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным «смог» (угар, чад) или «смогать» (мотать, сматывать), но в таком случае фамилия звучала бы иначе (Смогалов, Смогаев), поэтому основной остаётся версия от «смочь».

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральной России и Поволжье. В документах XVII–XVIII веков похожие прозвища фиксировались среди крестьян и посадских людей. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: дворянские роды с такой фамилией не известны. Суффикс -ун в основе (Смог-ун) характерен для прозвищ, образованных от глаголов, и указывает на деятеля (ср. «бегун», «крикун»). Таким образом, фамилия Смогунова донесла до нас прозвище предка — человека, который мог больше других, был силён и решителен.