Фамилия Смольяникова — женская форма фамилии Смольяников, а та в свою очередь происходит от прозвища Смольяник. Самое очевидное и прямое объяснение: смольяником называли человека, занятого смолокурением — добычей смолы и дёгтя из древесины. Это было распространённое, грязное и тяжёлое ремесло в лесных районах Руси, особенно в центральных и северных губерниях. Смолу использовали для пропитки канатов, строительства кораблей, смазки колёс и осей, так что профессия была востребованной, но низкостатусной.

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике: связь с топонимом Смольяны или Смольяниново. Такие названия сёл и деревень тоже восходят к тому же корню «смола» — либо из-за смолокуренного промысла, либо из-за тёмной, «смолистой» почвы. В этом случае Смольяников — выходец из такого места. Однако фамилии на -яников обычно образуются от прозвищ по занятию, а не от географических названий (для последних типичнее суффикс -ский, как Смольяновский).

Суффикс -ов в основе Смольяников указывает на принадлежность: «сын Смольяника». Это типичная русская патронимическая модель, но в основе лежит не имя, а прозвище по профессии. Форма Смольяникова — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?»: дочь или жена Смольяникова.

Интересная деталь: фамилия Смольяников — редкий случай, когда профессиональное прозвище сохранило архаичный суффикс -яник, а не более привычные -щик или -арь (ср. смолокур, дегтярник). Это говорит о том, что прозвище могло закрепиться в говорах, где «смольяник» означало именно мастера-смолокура, а не просто рабочего.

В дореволюционных переписях фамилия фиксируется преимущественно в центральных губерниях (Тверская, Ярославская, Владимирская) и на Урале — там, где были сосновые леса и кустарное смолокурение. Дворянских родов Смольяниковых не отмечено: фамилия оставалась крестьянской и мещанской, что полностью соответствует её «ремесленному» происхождению.